No dia 12 de maio de 1551, foi fundada a mais antiga universidade da América, a Real Universidade da Cidade dos Reis, em Lima no Peru, a mando do Rei Carlos I da Espanha. Atualmente ela se chama Universidade Nacional Maior de São Marcos, UMNSM, é pública e é a mais renomada e importante instituição de ensino do país. à medida de comparação, as primeiras universidades do Brasil foram fundadas no século XX.
O Peru é um dos maiores e mais importantes países da América do Sul, apesar de raramente aparecer no centro da discussão política regional. No período colonial, o Vice-Reino do Peru era o território mais importante do continente, possuía a maior jazida de prata, a maior população indígena concentrada e a mais complexa civilização, o império Inca, que foi dominado pelos espanhóis em 1533. Devido à existência da sociedade de classes e do Estado no Peru, ao contrário do Brasil, os colonizadores conseguiram rapidamente adaptar o sistema preexistente de agricultura e mineração, já organizado pelos nativos, para se enriquecerem e ao mesmo tempo enriquecer a metrópole espanhola.
A Espanha no século XVI era o mais próspero reino de toda a Europa, e o Peru foi sua principal colônia. A capital inca, que era Cuzco, nos Andes, foi substituída por Lima, no litoral, acompanhando a mudança no modelo econômico da agricultura para a exportação marítima. Nessa cidade, se formou uma nova classe social muito rica de espanhóis que viviam na colônia: são esses fatores que explicam o rápido surgimento de uma universidade nesse território. Um processo semelhante se deu no México, que estava numa situação análoga à do Peru, que teve sua primeira universidade fundada também no ano de 1551.
A UNMSM teve uma grande importância na história do Peru. No processo de independência em 1822, o primeiro Congresso Constituinte foi realizado dentro da capela da universidade e a maior parte dos deputados constituintes haviam estudado em suas salas. Já no início do século XX o movimento estudantil se tornou cada vez mais forte e conseguiu conquistar algumas reformas para democratizar a universidades. Os estudantes se mobilizam até os dias de hoje, mas um dos eventos de destaque foi a tentativa de visita em 1958 de Richard Nixon, futuro presidente dos EUA, que foi impedido de entrar por um piquete ao som dos gritos “Nixon go home!”
